Практически единственным активно работающим государственным фондом, поддерживающим развитие инновационной деятельности, остается Фонд содействия развитию малых форм предприятий в научно-технической сфере (Фонд содействия). Фонд постоянно развивает новые перспективные инициативы, поддерживающие разные элементы инновационной системы (малый бизнес, начинающие компании (программа СТАРТ), связь малого и крупного бизнеса (программа ТЕМП), программы обучения инновационному менеджменту и др.). Однако в масштабах страны Фонд с бюджетом около 30 млн долл. в год не в состоянии изменить ситуацию кардинально. Он может только продемонстрировать успех тех или иных инструментов и подходов. К сожалению, опыт Фонда мало используется другими государственными ведомствами. Развиваются в основном совместные инициативы Фонда с другими организациями (в настоящее время - с РАН, ранее - с РФФИ).