Финансовый контроль является системой. Функционирование данной системы с целью достижения высокой эффективности должно строиться на определенных принципах, которые следует соблюдать еще на этапах организации финансового контроля. Под принципами финансового контроля понимаются научно разработанные и апробированные практикой политические, организационные и правовые основы организации контроля, с помощью которых обеспечивается его эффективность, определяются общие правила и целенаправленность контрольной деятельности в финансовой сфере. Различают универсальные и прикладные принципы финансового контроля.