Помимо перечисленных прав Главное контрольное управление Президента РФ вправе направлять предписания об устранении финансовых нарушений, которые должны быть рассмотрены в течение 10 дней. Однако Главное контрольное управление Президента РФ не имеет права применять какие-либо санкции самостоятельно.