В силу несовершенства законодательства, недостаточной защищенности данного сектора от негативных воздействий изнутри и извне, а также низкого уровня профессиональных технологий, регистрация прав собственности на ценные бумаги продолжает оставаться самостоятельным источником системных рисков для фондового рынка и экономики в целом. Риски, связанные с регистраторской деятельностью, сводятся в основном к возможности утраты прав собственности на ценные бумаги, вызванные техническими ошибками или умышленными действиями недобросовестного регистратора. Остается возможность появления параллельных реестров и риска несанкционированных изменений в системе учета прав на ценные бумаги в момент ее передачи.