К недостаткам экспертных систем следует отнести ограниченную возможность использования здравого смысла . Логистические процессы включают множество операций с разнообразными грузами. Учесть все особенности в экспертной программе невозможно. Поэтому для того, чтобы не поставить коробку весом в сто килограммов на коробку весом в пять килограммов, здравым смыслом , дополняющим знания экспертной системы, должен обладать пользователь.