Из методов управления в банковской системе наибольшее применение получили административные и экономические. Первые характеризуются принятием решения руководителем и безусловным выполнением приказа подчиненными. Вторые отличаются побуждением к эффективной деятельности посредством применения обязательных экономических нормативов, устанавливаемых ЦБ РФ, норм обязательных отчислений части привлеченных денежных средств в резерв Банка России, повышением (снижением) ставок рефинансирования, установлением льгот по процентным ставкам по кредитам, использованием кредитными организациями гибкой системы оплаты труда, премиальных положений, предоставлением социальных льгот своим сотрудникам и т. п. Рациональное сочетание централизованной и децентрализованной форм управления, административных и экономических методов способствует повышению эффективности управления кредитными организациями.