Высшим руководящим органом ИСО является Генеральная Ассамблея - полномочное собрание делегатов, созываемое один раз в три года. В период между сессиями Генеральной Ассамблеи организацией руководит собирающийся ежегодно Совет. Текущую административно-техническую работу выполняет Центральный секретариат в Женеве (Швейцария). Практическая работа по стандартизации ведется в технических комитетах (ТК), сферы деятельности которых разграничены.