Несмотря на многие преимущества многомерной организации, тем не менее даже с ее помощью бывает трудно создать такую структуру, которая устраивала бы всех членов организации и адекватно мотивировала бы их деятельность. Ряд специалистов считают, что данная проблема более успешно решается, если членам организации предоставляется право участвовать в принятии решений, касающихся их работы. Последнее уточнение является принципиальным и отличает в корне организации, построенные на участии работников в управлении , или так называемые партисипативные организации, от организаций, где посредством создания органов самоуправления осуществляется некомпетентное вмешательство в работу других членов или частей организации. Наглядным примером такого подхода явилось введение в период перестройки на предприятиях бывшего СССР выборности руководителей и создание на них советов трудовых коллективов, поставленных волею закона над руководством и призванных демократизировать управление предприятием.