Управление каждым отдельным проектом, реализуемым в рамках целевой программы, требует особых подходов, которые учитывают наличие высокоуровневых целей, необходимость подтверждения достижений, а также специфические риски, возникающие вследствие упомянутых выше допущений и гипотез. Совокупность этих факторов представляет собой так называемую логико-структурную схему проекта, вокруг которой выстраивается вся система управления проектом.