Расположен в Токио и имеет 32 отделения по стране и 6 отделений в наиболее экономически важных для Японии других странах. Банк может открывать дополнительные отделения только по согласованию с министерством финансов Японии, Банк является независимым в своих действиях от правительства, но должен обмениваться взглядами на кредитно-денежную политику и координировать свои действия с ним. По закону о Банке Японии, банк имеет собственный капитал в размере 100 миллионов йен. Банк является некоторым подобием акционерного общества, он выпускает сертификаты на свой капитал, причем Доля не менее чем 55 миллионов йен должна принадлежать государству, а собственники остальной части должны быть негосударственными хозяйствующими субъектами. Сертификаты иа владение долей капитала Банка могут продаваться и предоставляться в качестве залога. Держатели долей в капитале Банка по согласованию с министерством финансов могут получать дивиденды по этим долям.